O Inmetro é a única autarquia do Governo Federal que tem um Contrato de Gestão assinado com o Ministério do Desenvolvimento, Indústria e Comércio Exterior tendo como intervenientes o Ministério da Fazenda e o Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão. Em dezembro de 2005 o Contrato de Gestão do Inmetro foi mais uma vez renovado para um novo período de três anos, 2005 - 2008.

O Contrato de Gestão tem como objetivo dotar as entidades que o assinam de maior autonomia administrativa e gerencial em troca de metas de desempenho e instrumentos de controle consubstanciados no próprio contrato. Tais entidades, quando autarquias, recebem o status de Agência Executiva ao assinarem o referido contrato.

O Inmetro integra também, o grupo de organizações que assumiram compromisso público com a melhoria da qualidade da Administração Pública, tendo sido agraciado com a categoria Ouro do Prêmio Qualidade do Governo Federal no ano de 2000 e o reconhecimento Prata no Prêmio Nacional de Gestão Pública nos ciclos de 2004 e 2005. A instituição ganhou, ainda em 2006, o XI Prêmio Nacional de Qualidade de Vida - PNQV, na categoria Órgão Público. Como fruto deste bom desempenho, o Inmetro tornou-se membro do Comitê Gestor do Programa Gespública em 2005.